โรงเรียนบ้านโถ  (เจ้าพ่อหลวงอุปถัมภ์)  ตั้งขึ้นเนื่องจาก  นายโต้ง    เลาหาง  ผู้ใหญ่บ้านแม่โถ  ได้ยื่นคำร้องต่อนายอำเภอฮอด  มีความประสงค์จะขอตั้งโรงเรียนขึ้นเพราะมีเด็กอยู่ในหมู่บ้านแม่โถ  3  เผ่า  คือ  เผ่าม้ง  เผ่ากระเหรี่ยง  และจีนฮ่อ  มีเด็กจะเข้าเรียนประมาณ  60  คน  ต่อมาวันที่  9  มกราคม  2514  พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชได้เสร็จมาเยี่ยมราษฎรชาวไทยภูเขาที่หมู่บ้านแห่งนี้ได้ทรงพระราชทานเงินจำนวน  4,000  บาท  (สี่พันบาท)  ให้กับนายตะนุบอ  จอตะเก  ผู้ใหญ่บ้านแม่โถ  เพื่อดำเนินงานก่อสร้างอาคารเรียนขึ้น

                ดังนั้น  นายถวัลย์    ถาวรสันติ์  นายอำเภอฮอด  ได้ขึ้นมาตรวจสถานที่สำหรับปลูกก่อสร้างอาคารเรียนขึ้นที่บ้านแม่โถกะเหรี่ยง  ต่อมานายกล้า  ธนาบูรณ์  ศึกษาธิการอำเภอฮอด  จึงได้ดำเนินการก่อสร้าง โดยสั่งให้นายตะนุบอ  จอตะเก  ผู้ช่วยผู้ใหญ่บ้านแม่โถ  และนายเทศ  หมูคำ  ผู้ทรงคุณวุฒิประจำหมู่บ้านจัดหาอุปกรณ์การก่อสร้าง  เช่น  เสา  20  ต้น  ไม้เครื่องบนบางอย่างขน  หมดทุนทรัพย์  4,000  บาท  (สี่พันบาท)  ดังกล่าว

                ต่อมา  นายกล้า  ธนาบูรณ์  ศึกษาธิการอำเภอฮอด  จึงได้ขอความร่วมมือไปยังครูที่มีฝีมือ  ในการก่อสร้างและภารโรง  โรงเรียนต่าง ๆ   ในอำเภอฮอดให้ขึ้นมาช่วยเหลือในการก่อสร้างอาคารเรียน  1  หลัง  บ้านพักครู    เสาธง  และส้วม  เมื่อวันที่  9 – 24  เมษายน  2514  ตามแบบ  ป.1ล  ขนาด  2  ห้องเรียน  ของกระทรวงศึกษาธิการ  ปลูกสร้างยังไม่เสร็จทางสหกรณ์ออมทรัพย์ครูเชียงใหม่  ได้ให้ทุนมาสมทบอีก  5,000  บาท    (ห้าพันบาท)  จึงนำไปซื้อสังกะสี  210  แผ่น  มามุงหลังคาอาคารเรียน  ต่อมาทางอำเภอฮอดได้ส่ง  นายทูน    สมฤทธิ์  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  ณ  โรงเรียนบ้านแม่โถ  ตั้งแต่วันที่  3  พฤษภาคม  2514

                ต่อมาปี พ.ศ.2523  ได้ย้ายโรงเรียนจากบ้านแม่โถกะเหรียงมาสร้าง ณ บ้านแม่โถ ซึ่งเป็นสถานที่ปัจจุบัน เนื่องจากเดินทางไม่สะดวก และประชากรชนเผ่าม้ง มีจำนวนเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ จากปี พ.ศ. 2523-2527 มีผู้บริหารโรงเรียนจำนวน 4 คน

                วันที่ 1 ธันวาคม 2527  นายบุรินทร์  เรือนแก้ว  มาดำรงตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียน ซึ่งขณะนั้นมีนักเรียน 27 คน ครู 3 คน  เริ่มดำเนินงานตั้งแต่นั้นมาได้พัฒนามาตามลำดับ จำนวนนักเรียนเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ในปี พ.ศ. 2540 ได้ดำเนินการขอเปิดขยายชั้นเรียน ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 นักเรียนที่จบการศึกษาในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 แล้วประมาณ 500 คน ในปี พ.ศ.2553 ได้ดำเนินการขอเปิดขยายชั้นเรียน ชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 ได้รับอนุมัติให้เปิดขยายชั้นเรียนจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน เมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2554

                การก่อสร้างอาคารเรียน มีดังนี้

                วันที่ 16 กุมภาพันธ์ 2554  ได้รับอนุญาตให้ขยายชั้นเรียนมัธยมศึกษาตอนปลาย โดยเปิดสอนในสาย ศิลป์-คอมพิวเตอร์ ในปีการศึกษา 2554 ซึ่งโรงเรียนแรกของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาเชียงใหม่ เขต 5 โดยมี นายบุรินทร์  เรือนแก้ว ผู้อำนวยการโรงเรียน

                วันที่ 30 ธันวาคม 2554  ได้รับอนุมัติให้เปลี่ยนชื่อสถานศึกษาเป็น โรงเรียนแม่โถวิทยาคม  สังกัด สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาเชียงใหม่ เขต 5

                ต่อมาวันที่ 6 ธันวาคม 2555  นายสุดสาคร  จันทะล่าม ซึ่งได้ย้ายมาจากโรงเรียนบ้านมูเซอ อำเภออมก๋อย ได้มาดำรงตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียนแม่โถวิทยาคม

ผู้อำนวยการโรงเรียนแม่โถวิทยาคม

คำขวัญของโรงเรียน
                สามัคคี  เรียนดี  มีวินัย  ใฝ่คุณธรรม

วิสัยทัศน์
                บริหารจัดการดี  มีความรู้ คู่เทคโนโลยี  รักษาประเพณีและวัฒนธรรม

พันธกิจ
               1. การพัฒนาคุณภาพด้านการบริหารจัดการศึกษา
               2. การพัฒนาคุณภาพด้านการจัดการเรียนการสอน

อัตลักษณ์ของโรงเรียน
                ยิ้มใส  ไหว้สวย